13 de enero de 2012 02:22 AM
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La PCR sesga los resultados a la hora de detectar bacterias y favorece a las más abundantes

La técnica estrella discrimina a las más raras.

Los microorganismos menos abundantes no son detectados fácilmente por el método de amplificación por PCR. Un estudio publicado en PloS One por un equipo del CSIC lo confirma: la diversidad bacteriana es probablemente muy superior a lo que somos capaces de detectar actualmente.

Un equipo con participación del Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC) español ha comprobado que la PCR, el método más empleado actualmente para la detección de bacterias, discrimina las menos abundantes. El estudio*, que aparece publicado en el último número de PLoS One, confirma que no es posible determinar la estructura de la enorme diversidad microbiana con los métodos actuales.

“En este estudio hemos comprobado que la detección de bacterias es dependiente de la fracción que representan respecto al total de la comunidad microbiana”, señala Juan Miguel González, investigador del CSIC en el Instituto de Recursos Naturales y Agrobiología ubicado en Sevilla. Los científicos, en colaboración con un equipo del Centro Superior de Investigación en Salud Pública de Valencia, han empleado para los experimentos sondas fluorescentes específicas y dos cebadores. Tras amplificar cada tipo de bacteria simultáneamente en la misma reacción, observaron que la eficiencia de amplificación para las abundantes era elevada, mientras que para las que representaban una fracción reducida era muy baja.

“La diversidad microbiana, que es la base que sustenta la búsqueda de nuevos biocatalizadores y recursos para la explotación biotecnológica, es probablemente muy superior a lo que somos capaces de detectar actualmente. Conocer el riesgo de los sesgos introducidos en la detección y cuantificación de secuencias amplificadas es algo importante mientras se continúe utilizando la amplificación por PCR o hasta que pasemos a una tercera generación de métodos de secuenciación”, señala González.

*Gonzalez JM, Portillo MC, Belda-Ferre P, Mira A (2012) Amplification by PCR Artificially Reduces the Proportion of the Rare Biosphere in Microbial Communities. PLoS ONE 7(1): e29973. doi:10.1371/journal.pone.0029973

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